ترتبط الإدارة العامة للمراجعة الداخلية فنياً بلجنة المراجعة المنبثقة من مجلس الإدارة وإدارياً بمدير عام الصندوق، ولا تخضع لأي تأثير من قبل الإدارة التنفيذية، وذلك تعزيزاً لمبدأ الاستقلالية الذي يمكن الإدارة من القيام بمهامها ومسؤولياتها بموضوعية وحيادية، وهو ما نص عليه ميثاق عمل الإدارة العامة للمراجعة الداخلية، وميثاق لجنة المراجعة.
وتعمل الإدارة العامة للمراجعة الداخلية وفق خطة سنوية مبنية على تقييم المخاطر تعدّ من قبل الإدارة ويتم إطلاع مدير عام الصندوق عليها واعتمادها من لجنة المراجعة، ويتم ترجمة نتائج هذه الخطة بتقارير ترفع للجهات المعنية بالصندوق من أجل تصحيح وتلافي المخاطر المترتبة على ما تضمنته هذه التقارير من ملاحظات وتوصيات وهو ما يحقق إضافة قيمة لتحقيق الصندوق لأهدافه.
وحرصاً على أداء عمل الإدارة العامة للمراجعة الداخلية في مجال تطبيق مبادئ الحوكمة، ركز الصندوق على تعزيز مهارات موظفي فريق الإدارة من خلال إلحاقهم ببرامج تدريبية مكثفة تحت إشراف الجمعية السعودية للمراجعين الداخلين بما يتماشى مع تطبيق المعايير الدولية للمراجعة الداخلية IIA.
وسعياً من الصندوق في رفع كفاءة الإنفاق الحكومي وإدارة المخاطر المصاحبة لذلك لتتوائم مع مستهدفات وبرامج رؤية المملكة 2030، أطلق الصندوق مشروعاً لتطوير هيكل الحوكمة الخاص به. وسيشمل هيكل الحوكمة المؤسسات ذات الصلة بصندوق تنمية الموارد البشرية بهدف تبسيط عمليات التواصل بين الجهات المختلفة والمساهمة في تفعيل إدارات المراجعة الداخلية لديها، إضافة لمساعدتها في إعداد الوثائق المتعلقة بإنشاء وحدات المراجعة الداخلية في المؤسسات ذات الصلة بالصندوق.
تأسست إدارة المخاطر والالتزام لدى الصندوق عام 2019 بهدف قياس وتقييم المخاطر المختلفة في الصندوق والعمل على إدارتها وتطوير الاستراتيجيات اللازمة لمعالجتها والعمل على متابعة تطبيق هذه الاستراتيجيات بالتنسيق مع مختلف الوحدات الإدارية في الصندوق. كما تعنى الإدارة بالتأكيد على توافق كافة عمليات وإجراءات الصندوق مع الأنظمة والتعليمات الصادرة عن الجهات التشريعية وإجراء عمليات الفحص الدورية وتقديم التوصيات والمقترحات، والمشاركة في تطوير سياسات وإجراءات الصندوق.